- Kelas Unggulan, yaitu kelas yang diselenggarakan dengan memadukan Kurikulum Nasional dan Kurikulum Madrasah Mu’allimin Muhammadiyah Yogyakarta. Kelas ini diikuti oleh peserta didik yang dinyatakan lulus dan memenuhi ketentuan sebagai siswa Kelas Unggulan.
- Kelas Internasional, yaitu kelas yang diselenggarakan dengan memadukan Kurikulum Cambridge Internasional dan Kurikulum Madrasah Mu’allimin Muhammadiyah Yogyakarta. Kelas ini diikuti oleh peserta didik yang dinyatakan lulus dan memenuhi ketentuan sebagai siswa Kelas Indonesia.