Alhamdulillah, saat ini Mu’allimin memiliki dua kompleks kampus, yaitu Kampus Induk dan Kampus Terpadu.

Kampus Induk

Kampus Induk berpusat di Kompleks Madrasah Mu’allimin Muhammadiyah Yogyakarta yang telah berdiri sejak tahun 1918. Kampus Induk menjadi pusat kegiatan Mu’allimin yang dikelilingi oleh 10 buah asrama dan tersebar di tengah-tengah perkampungan warga.

Kampus Terpadu

Kampus Terpadu terletak di wilayah Kalurahan Argorejo, Kapanewon Sedayu, Kabupaten Bantul.